这里的先天性病因不包括遗传病。先天性病因主要指胎儿出生前在子宫内受到的损害。妊娠早期受到危险因子影响，可引起严重脑畸形，中、晚期可引起脑发育不良，常见的危险因素有物理性，如X线等放射性因素，有毒物质如母亲吸毒、吸烟、饮酒，摄入有致畸形作用的药物等。孕妇营养不良、疾病（高血压、心脏病、贫血等），感染如感冒、气管炎、肺炎、胃肠炎也可引起胎儿发育障碍。凤疹、疱疹、巨细胞病毒、弓形体及其它可透过胎盘的病原微生物感染，都有可能引起癫痫，并可能引起其它先天性疾病，如先天性心脏病，智力低下等。